Pesantren Masa Depan : Wacana pemberdayaan dan Transformasi Pesantren / K.H.Abdurrahman Wahid;Penyunting, Marzuki Wahid dkk.

 Wahid, Abdurrahman.; Wahid, Marzuki;

Bandung : Pustaka Hidayah , 1999

Dinamika NU : perjalanan sosial dari Muktamar Cipasung 1994 ke Muktamar Kediri 1999

 Wahid, Marzuki; Mochtar, Affandi;

Jakarta : Kompas , 1999

Geger di Republik NU : Perebutan Wacana tafsir sejarah, tafsiran makna / Editor: Marzuki Wahid

 Wahid, Marzuki;

Jakarta : Kompas , 1999

Fiqh Madzhab Negara : Kritik atas politik Hukum Islam di Indonesia / Marzuki Wahid dan Rumadi

 Wahid, Marzuki; Rumadi;

Ygyakarta : LKiS , 2001

Fiqh Indonesia : kompilasi hukum Islam dan counter legal draft hukum Islam dalam bingkai politik hukum Indonesia

 Wahid, Marzuki; Aliyah, Liya;

Bandung : Marja , 2014